И как он устроен?

Наверное, нужно все это написать в wiki. Но пока нет опыта, а две системы изучать трудно. Начнем с того, что файл с расширением .epub это обычный zip архив. Более подробно можно прочитать в интересной статье - "Эксперименты по созданию epub". Прекрасная статья с примерами и разъяснениями. Но как быть с русскими буквами? Они, даже если их писать в unicode, будут отображаться в большинстве программ и устройств в виде ???. Я проверял на тех же Adobe Digital Edidtions и в электронной книге Sony Reader. Свет на это проливает документ от Adobe EPUB Best Practices Guide. Русских шрифтов просто нет! Но их можно вставить прямо в файл и, естественно, на них сослаться.